Таблица 2. Время, необходимое на проведение вычислений на AWS при обработке результатов анализа транскриптома человека с применением технологии нанопорового секвенирования ONT.
|
№
|
Конфигурация, время выполнения (мин) |
Выполняемая команда |
|||||
|
p3.2xlarge |
p2.xlarge |
t2.xlarge |
t2.2xlarge |
||||
|
Объем входных данных |
|||||||
|
|
37.5GB |
100GB |
37,5GB |
100GB |
100GB |
||
|
1 |
guppy_basecaller |
21 |
60 |
н/д |
error |
н/д |
н/д |
|
2 |
MinIONQC.R |
6.45 |
н/д |
3 |
6 |
6.1 |
6.3 |
|
3 |
cat |
0.13 |
н/д |
4 |
6 |
0.36 |
0.23 |
|
4 |
minimap2 |
8 |
н/д |
4.44 |
11 |
8.7 |
8.3 |
|
5 |
samtools |
0.45 |
н/д |
0.12 |
1 |
0,43 |
0.45 |
|
6 |
salmon quant |
13.27 |
н/д |
3.45 |
15 |
error |
13.1 |
|
7 |
Grep* |
|
|
|
|
|
|
|
Всего (мин.) |
|
49.3 |
60 |
15.01 |
39 |
16 |
28.38 |
Примечание. *для выполнения операции требуется графический ускоритель **grep "protein_coding" – команда отбора из результатов обсчета данных записей, относящихся к белок-кодирующим генам. ***На машине с конфигурацией t2.xlarge выполнение команды «salmon quant» вызывало ошибку, по-видимому, связанную с недостатком объема оперативной памяти н\д – выполнение команды не запускали, error –запуск команды был произведен, но завершился ошибкой выполнения или отсутствием экранных выдач от процесса более 10 мин.