Таблица 2. Время, необходимое на проведение вычислений на AWS при обработке результатов анализа транскриптома человека с применением технологии нанопорового секвенирования ONT.

 

 

 

 

Конфигурация, время выполнения (мин)

Выполняемая команда

p3.2xlarge

p2.xlarge

t2.xlarge

t2.2xlarge

Объем входных данных

 

37.5GB

100GB

37,5GB

100GB

100GB

1

guppy_basecaller

21

60

н/д

error

н/д

н/д

2

MinIONQC.R

6.45

н/д

3

6

6.1

6.3

3

cat

0.13

н/д

4

6

0.36

0.23

4

minimap2

8

н/д

4.44

11

8.7

8.3

5

samtools

0.45

н/д

0.12

1

0,43

0.45

6

salmon quant

13.27

н/д

3.45

15

error

13.1

7

Grep*

 

 

 

 

 

 

Всего (мин.)

 

49.3

60

15.01

39

16

28.38

Примечание. *для выполнения операции требуется графический ускоритель **grep "protein_coding" – команда отбора из результатов обсчета данных записей, относящихся к белок-кодирующим генам. ***На машине с конфигурацией t2.xlarge выполнение команды «salmon quant» вызывало ошибку, по-видимому, связанную с недостатком объема оперативной памяти н\д – выполнение команды не запускали, error –запуск команды был произведен, но завершился ошибкой выполнения или отсутствием экранных выдач от процесса более 10 мин.