Таблица 3. Оценка сходства функцией VirtualScreening, реализованной в вычислительном модуле D3Similarity, для 3CLpro и PLPpro.
|
Compound name/ID |
Similarity |
Similarity 3D (%) |
Similarity 2D (%) |
Ligands |
Target name |
|
GS-441524 |
26.21 |
65.40 |
40.08 |
ICV199 |
3CLpro |
|
6-thioguanine |
39.18 |
88.67 |
44.19 |
ICV46 |
3CLpro |
|
Beta-D-N4-Hydroxycytidine |
20.32 |
81.84 |
24.83 |
ICV46 |
3CLpro |
|
C25H22FN4O4 |
69.61 |
69.61 |
100 |
ICV273 |
3CLpro |
|
CHEMBL1809250 |
23.41 |
66.95 |
34.97 |
ICV42 |
3CLpro |
|
CHEMBL1809251 |
22.69 |
66.52 |
34.10 |
ICV272 |
3CLpro |
|
CHEMBL1809259 |
30.15 |
71.45 |
42.20 |
ICV272 |
3CLpro |
|
GC376 |
55.42 |
55.42 |
100 |
ICV21 |
3CLpro |
|
GRL0617 |
27.06 |
75.67 |
35.77 |
ICV190 |
3CLpro |
|
CHEMBL1388469 |
19.71 |
72.98 |
27 |
ICV206 |
3CLpro |
|
Remdesivir |
16.34 |
62.09 |
26.32 |
ICV202 |
3CLpro |
|
Tideglusib |
74.6 |
74.60 |
100 |
ICV265 |
3CLpro |
|
GS-441524 |
23.11 |
62.60 |
36.92 |
ICV322 |
PLpro |
|
6-thioguanine |
91.12 |
91.12 |
100 |
ICV350 |
PLpro |
|
Beta-D-N4-Hydroxycytidine |
14.93 |
74.64 |
20 |
ICV350 |
PLpro |
|
C25H22FN4O4 |
33.83 |
56.89 |
59.46 |
ICV343 |
PLpro |
|
CHEMBL1809250 |
24.82 |
68.76 |
36.09 |
ICV330 |
PLpro |
|
CHEMBL1809251 |
23.08 |
66.16 |
34.88 |
ICV326 |
PLpro |
|
CHEMBL1809259 |
22.51 |
65.33 |
34.46 |
ICV314 |
PLpro |
|
GC376 |
19.27 |
64.50 |
29.88 |
ICV327 |
PLpro |
|
GRL0617 |
85.39 |
85.39 |
100 |
ICV357 |
PLpro |
|
CHEMBL1388469 |
17.28 |
67.02 |
25.78 |
ICV275 |
PLpro |
|
Remdesivir |
15.28 |
71.37 |
21.40 |
ICV287 |
PLpro |
|
Tideglusib |
18.69 |
79.81 |
23.42 |
ICV310 |
PLpro |
Примечание. Столбец с названием с выбранной мишени (в данной случае – 3C-like protease и papain-like protease), в данной столбце содержаться данные «Similarity»; «Similarity 3D» ‒ оценка сходства трехмерных структур; «Similarity 2D» ‒ оценка сходства двумерных структур; «Ligands» ‒ идентификатор соединения, представленного в базе данных CoViLigands, с которым сравнивалось исследуемое соединение. В таблице 2 наименование столбца «Mol ID» было заменено нами, на «Compound name/ID», в котором указаны названия или идентификаторы соединений тестовой выборки. В изначально полученных результатах данные столбца «Mol ID» имели вид MOL_n, где n – порядковый номер структуры в загружаемом SDF. Жирным шрифтом выделены соединения, характеризующиеся экспериментально установленной активностью в отношении соответствующих белков-мишеней.