Таблица 1. Отобранные гены хромосомы 18 человека. Сначала два гена были аннотированы как кодирующие недостающие белки (MP), а четыре других гена были отнесены к категории функционально не охарактеризованных, но транслированных на белковый уровень с высокой степенью доказательности (uPE1). База знаний neXtProt была использована для получения информации о статусе гена, количестве аминокислотных остатков в последовательности изоформы 1 (самой длинной), одиночных аминокислотных полиморфизмах (SAPs) согласно наборам данных dbSNP и COSMIC, а также известных сплайс-формах (Iso1, Iso2, Iso3).
|
Gene Name |
HMSD_ |
HSBP1L1 |
ANKRD29 |
C18orf21 |
KLHL14 |
TMEM200C |
|
Protein Name |
Serpin-like protein HMSD |
Heat shock factor-binding protein |
Ankyrin repeat domain-containing protein 29 |
UPF0711 protein C18orf21 |
Kelch-like protein 14 |
Trans-membrane protein 200C |
|
NextProt AC |
NX_A8MTL9 |
NX_C9JCN9 |
NX_Q8N6D5 |
NX_Q32NC0 |
NX_Q9P2G3 |
NX_A6NKL6 |
|
Status |
MP |
MP |
uPE1 |
uPE1 |
uPE1 |
uPE1 |
|
# of aa in Iso1 |
139 |
75 |
301 |
220 |
628 |
621 |
|
variants (SAPs) |
111 |
56 |
231 |
166 |
385 |
648 |
|
splice forms |
Iso1 |
Iso1 |
Iso1, Iso3 |
Iso1, Iso2 |
Iso1, Iso2 |
Iso1 |
|
qPCR (cDNA copies per cell) |
||||||
|
Liver #1 |
0.00** |
0.88 |
0.02 |
0.37 |
0.02 |
0.33 |
|
Liver #3 |
0.01 |
0.47 |
0.10 |
0.33 |
0.03 |
0.42 |
|
Liver #5 |
0.02 |
0.59 |
0.07 |
0.22 |
0.01 |
0.52 |
|
HepG2 |
ND* |
1.10 |
0.02 |
2.29 |
116.38 |
0.08 |
|
Illumina HiSeq (FPKM) |
||||||
|
Liver #1 |
ND* |
3.50 |
0.00** |
4.5 |
0.00** |
0.00** |
|
Liver #3 |
ND* |
2.50 |
0.50 |
3.0 |
0.00** |
1.00 |
|
Liver #5 |
ND* |
6.00 |
0.00** |
1.5 |
0.00** |
2.00 |
|
HepG2 |
ND* |
6.50 |
0.00** |
17.5 |
2.50 |
0.00** |
|
ONT MinION (TPM) |
||||||
|
Liver #1 |
0.21 |
6.31 |
0.13 |
6.20 |
0.00** |
0.04 |
|
HepG2 |
0.00** |
6.94 |
0.00** |
16.00 |
1.11 |
0.00** |
Note.* - No reads observed. ** - Rounded to the second decimal place.