Таблица 1. Наборы «сырых» данных из Protein Exchange использованные в работе.

№ набора данных

Protein Exchange ID

Фрагмент имени файла RAW для идентификации набора данных

Диапазон pH стрипа для IEF

Число пептидов

Число пептидов, не вошедшихв  обучающую выборкеу

Число пептидов в обучающей выборке

Число пептидов в обучающей выборке с модификациями*

1

PXD000065

iTRAQ8_200ugIPG439-499

4.39-4.99

3002

2478

524

103

2

PXD000065

plain_200ugIPG440-465

4.4-4.65

9718

9679

68

29

3

PXD000065

plain_200ugIPG37-49_no-pImarkers

3.7-4.9

25018

24790

228

117

4

PXD000065

plain_200ugIPG37-49_with-pImarkers

3.7-4.9

22386

22385

319

2

5

PXD000065

plain_200ugIPG400-425

4.0-.25

14376

14308

81

54

6

PXD000065

plain_200ugIPG420-445

4.2-4.45

13848

13719

39

21

7

PXD000065

plain_200ugIPG370-405

3.7-4.05

15586

15505

129

83

8

PXD0006291

TMT10_set2_500ug_IEF_3-10

3.0-10.0

44509

16092

28417

8705

9

PXD0006291

TMT10_set2_500ug_IEF_37-49

3.7-4.9

52641

25201

27440

9522

10

PXD006291

TMT10_set1_500ug_IEF_3-10

3.0-10.0

53939

22502

31437

9098

11

PXD006291

TMT10_set1_500ug_IEF_37-49

3.7-4.9

43493

17714

25779

9743

12

PXD010006

IPG3-10-50m

3.0-10.0

15462

10179

5283

2738

13

PXD010006

IPG25_37_TMT10_5mg

2.5-3.7

8957

7500

1457

1070

14

PXD010006

non_phospho_500ug_IPG3-10

3.0-10.0

43937

28382

15555

4550

15

PXD005410

TiO2_TMT10_IPG3-10

3.0-10.0

19907

14118

5789

2450

16

PXD005410

TMT_nonphospho_300ugIPG3-10

3.0-10.0

72200

53424

18776

4255

17

PXD005410

TiO2_TMT10_IPG25-37

2.5-3.7

8951

7580

1371

1152

18

PXD000065

iTRAQ8_200ugIPG37-49_nuc-heavy

3.7-4.9

10990

10281

709

272

19

PXD017201

TMT_set1_1mgIPG3-10

3.0-10.0

7743

2968

4775

1588

20

PXD017201

TMT_set2_1mgIPG3-10

3.0-10.0

8591

3024

5567

1990

21

PXD017201

TMT_set3_1mgIPG3-10

3.0-10.0

8041

3104

4937

1744

22

PXD017201

TMT_set4_1mgIPG3-10

3.0-10.0

9632

3905

5727

2018

23

PXD017201

TMT_set5_1mgIPG3-10

3.0-10.0

8359

3098

5261

1918

24

PXD006291

TMT-ctrliii-2hii-6hii-24hiii_400ugIPG6-9

6.0-9.0

43237

29370

13867

3304

25

PXD006291

TMT-ctrliii-2hii-6hii-24hiii_400ugIPG11-6

6.0-11.0

48816

34519

14297

3302

 

 

Всего уникальных пептидов:

 

372215

298352

73863

25159

Примечание. *- за вычетом облигатных химических модификаций (алкилирование цистеинов, TMT или iTRAQ метки).