Таблица 1. Наборы «сырых» данных из Protein Exchange использованные в работе.
№ набора данных |
Protein Exchange ID |
Фрагмент имени файла RAW для идентификации набора данных |
Диапазон pH стрипа для IEF |
Число пептидов |
Число пептидов, не вошедшихв обучающую выборкеу |
Число пептидов в обучающей выборке |
Число пептидов в обучающей выборке с модификациями* |
1 |
PXD000065 |
iTRAQ8_200ugIPG439-499 |
4.39-4.99 |
3002 |
2478 |
524 |
103 |
2 |
PXD000065 |
plain_200ugIPG440-465 |
4.4-4.65 |
9718 |
9679 |
68 |
29 |
3 |
PXD000065 |
plain_200ugIPG37-49_no-pImarkers |
3.7-4.9 |
25018 |
24790 |
228 |
117 |
4 |
PXD000065 |
plain_200ugIPG37-49_with-pImarkers |
3.7-4.9 |
22386 |
22385 |
319 |
2 |
5 |
PXD000065 |
plain_200ugIPG400-425 |
4.0-.25 |
14376 |
14308 |
81 |
54 |
6 |
PXD000065 |
plain_200ugIPG420-445 |
4.2-4.45 |
13848 |
13719 |
39 |
21 |
7 |
PXD000065 |
plain_200ugIPG370-405 |
3.7-4.05 |
15586 |
15505 |
129 |
83 |
8 |
PXD0006291 |
TMT10_set2_500ug_IEF_3-10 |
3.0-10.0 |
44509 |
16092 |
28417 |
8705 |
9 |
PXD0006291 |
TMT10_set2_500ug_IEF_37-49 |
3.7-4.9 |
52641 |
25201 |
27440 |
9522 |
10 |
PXD006291 |
TMT10_set1_500ug_IEF_3-10 |
3.0-10.0 |
53939 |
22502 |
31437 |
9098 |
11 |
PXD006291 |
TMT10_set1_500ug_IEF_37-49 |
3.7-4.9 |
43493 |
17714 |
25779 |
9743 |
12 |
PXD010006 |
IPG3-10-50m |
3.0-10.0 |
15462 |
10179 |
5283 |
2738 |
13 |
PXD010006 |
IPG25_37_TMT10_5mg |
2.5-3.7 |
8957 |
7500 |
1457 |
1070 |
14 |
PXD010006 |
non_phospho_500ug_IPG3-10 |
3.0-10.0 |
43937 |
28382 |
15555 |
4550 |
15 |
PXD005410 |
TiO2_TMT10_IPG3-10 |
3.0-10.0 |
19907 |
14118 |
5789 |
2450 |
16 |
PXD005410 |
TMT_nonphospho_300ugIPG3-10 |
3.0-10.0 |
72200 |
53424 |
18776 |
4255 |
17 |
PXD005410 |
TiO2_TMT10_IPG25-37 |
2.5-3.7 |
8951 |
7580 |
1371 |
1152 |
18 |
PXD000065 |
iTRAQ8_200ugIPG37-49_nuc-heavy |
3.7-4.9 |
10990 |
10281 |
709 |
272 |
19 |
PXD017201 |
TMT_set1_1mgIPG3-10 |
3.0-10.0 |
7743 |
2968 |
4775 |
1588 |
20 |
PXD017201 |
TMT_set2_1mgIPG3-10 |
3.0-10.0 |
8591 |
3024 |
5567 |
1990 |
21 |
PXD017201 |
TMT_set3_1mgIPG3-10 |
3.0-10.0 |
8041 |
3104 |
4937 |
1744 |
22 |
PXD017201 |
TMT_set4_1mgIPG3-10 |
3.0-10.0 |
9632 |
3905 |
5727 |
2018 |
23 |
PXD017201 |
TMT_set5_1mgIPG3-10 |
3.0-10.0 |
8359 |
3098 |
5261 |
1918 |
24 |
PXD006291 |
TMT-ctrliii-2hii-6hii-24hiii_400ugIPG6-9 |
6.0-9.0 |
43237 |
29370 |
13867 |
3304 |
25 |
PXD006291 |
TMT-ctrliii-2hii-6hii-24hiii_400ugIPG11-6 |
6.0-11.0 |
48816 |
34519 |
14297 |
3302 |
|
|
Всего уникальных пептидов: |
|
372215 |
298352 |
73863 |
25159 |
Примечание. *- за вычетом облигатных химических модификаций (алкилирование цистеинов, TMT или iTRAQ метки).