Таблица 1. Ферменты, наиболее часто используемые в протеомике

Название

Специфичность

Оптимум рН

Рабочий буфер

Трипсин

Arg-X, Lys-X*. Фрагменты -Lys-Pro- и -Arg-Pro- устойчивы к действию трипсина.

7.5**

50 мМ ТЭАБ***

Химотрипсин

Химотрипсиноген А. Гидролизует пептидные связи после Tyr, Trp, Phe, частично – после Leu, Met, Ala, Asp.

7.8 – 8

50 мМ ТЭАБ

Lys-C

Лизилэндопептидаза. Гидролизует пептидную связь после лизина (Lys-X).

7 – 9

50 мМ ТЭАБ

Glu-C

Глутамил пептидаза. Специфичность зависит состава буфера. В бикарбонате аммония (рН 7-8) или ацетате аммония (рН 4) расщепляет связь Glu-X. В фосфатных буферах (рН 7.8-8.5) расщепляет связи Glu-X, Asp-X.

4 или 8

50 мМ ТЭАБ

Asp-N

Пептидил-Asp металлопептидаза. Гидролизует пептидные связи X-Asp.

4 – 9

 

Lys-N

Пептидил-Lys металлоэндопептидаза. Гидролизует пептидные связи X-Lys.

9.5

50 мМ ТЭАБ

Пепсин

Неспецифический фермент, с наибольшей скоростью гидролизует пептидные связи ароматических аминокислот.

1 – 4 ****

40 мН HCl либо 100 мМ Na-цитратный буфер

Arg-C

Клострипаин. Гидролизует пептидные связи Arg-X.

7 – 8

50 мМ ТЭАБ

Папаин

Растительный «пепсин». Гидролизует амиды, пептиды, белки с незамещенной аминогруппой

Рабочий диапазон 3-12, оптимум – 5-8

50 мМ Na-фосфатный буфер, 50 мМ L-цистеин, 2 мМ ЭДТА

IdeZ

Рекомбинантный фермент, распознает антитела человека, овцы, обезьяны и кролика. Специфично расщепляет антитела на Fab и Fc фрагменты.

6.6

50 мМ Na-фосфатный буфер, 150 мМ NaCl

Примечание. *X – любой аминокислотный остаток; **рН доводят гидроксидом натрия; ***ТЭАБ – триэтиламмония бикарбонат; ****рН доводят 1 Н хлороводородной кислотой.