Таблица 1. Ферменты, наиболее часто используемые в протеомике
Название |
Специфичность |
Оптимум рН |
Рабочий буфер |
Трипсин |
Arg-X, Lys-X*. Фрагменты -Lys-Pro- и -Arg-Pro- устойчивы к действию трипсина. |
7.5** |
50 мМ ТЭАБ*** |
Химотрипсин |
Химотрипсиноген А. Гидролизует пептидные связи после Tyr, Trp, Phe, частично – после Leu, Met, Ala, Asp. |
7.8 – 8 |
50 мМ ТЭАБ |
Lys-C |
Лизилэндопептидаза. Гидролизует пептидную связь после лизина (Lys-X). |
7 – 9 |
50 мМ ТЭАБ |
Glu-C |
Глутамил пептидаза. Специфичность зависит состава буфера. В бикарбонате аммония (рН 7-8) или ацетате аммония (рН 4) расщепляет связь Glu-X. В фосфатных буферах (рН 7.8-8.5) расщепляет связи Glu-X, Asp-X. |
4 или 8 |
50 мМ ТЭАБ |
Asp-N |
Пептидил-Asp металлопептидаза. Гидролизует пептидные связи X-Asp. |
4 – 9 |
|
Lys-N |
Пептидил-Lys металлоэндопептидаза. Гидролизует пептидные связи X-Lys. |
9.5 |
50 мМ ТЭАБ |
Пепсин |
Неспецифический фермент, с наибольшей скоростью гидролизует пептидные связи ароматических аминокислот. |
1 – 4 **** |
40 мН HCl либо 100 мМ Na-цитратный буфер |
Arg-C |
Клострипаин. Гидролизует пептидные связи Arg-X. |
7 – 8 |
50 мМ ТЭАБ |
Папаин |
Растительный «пепсин». Гидролизует амиды, пептиды, белки с незамещенной аминогруппой |
Рабочий диапазон 3-12, оптимум – 5-8 |
50 мМ Na-фосфатный буфер, 50 мМ L-цистеин, 2 мМ ЭДТА |
IdeZ |
Рекомбинантный фермент, распознает антитела человека, овцы, обезьяны и кролика. Специфично расщепляет антитела на Fab и Fc фрагменты. |
6.6 |
50 мМ Na-фосфатный буфер, 150 мМ NaCl |
Примечание. *X – любой аминокислотный остаток; **рН доводят гидроксидом натрия; ***ТЭАБ – триэтиламмония бикарбонат; ****рН доводят 1 Н хлороводородной кислотой.