Таблица 2. Рекомендации по выбору методов проведения пробоподготовки для протеомных исследований.
Образцы |
Минимально -необходимое кол-во образца |
Рекомендуемые протоколы |
Ссылки |
Бактерии |
1 млн клеток |
Протокол 7 или Протокол 8 |
[13], [14] |
Эукариотические клетки |
0.2-1 млн клеток |
Протокол 1 или Протокол 9 |
[15], [16], [17] |
Клетки мозга, адипоциты |
0.2-1 млн клеток |
Протокол 3 (или Протокол 5) -> Протокол 7 или Протокол 8 |
[18], [19] |
Ткани |
0.2-1 мг |
Протокол 7 или Протокол 8 |
[20], [21], [22] |
Мембранные фракции клеток, ядра |
0.050 – 0.1 мг |
Протокол 3 -> Протокол 7 или Протокол 8 |
[23], [24], [25] |
Биологические жидкости: |
|
||
Плазма/сыворотка |
0.01-0.05 мл |
Протокол 1 или Протокол 9 |
[26], [27], [28] |
Моча |
5 мл |
Протокол 5 -> Протокол 1 |
[29] |
Спинномозговая жидкость |
0.1 мл |
Протокол 1 |
[30], [31] |
Слюна |
0.5 – 1 мл |
Протокол 1 |
[32] |
Слезы, глазная жидкость |
0.050-0.1 мл |
Протокол 1 |
[33] |
Пищевые продукты (молоко, колбасы, мясо, рыба, беспозвоночные, икра, слизь, биопленки и т.д.) |
Обычно присутствуют в избытке |
Протокол 3 (или Протокол 5) -> Протокол 7 или Протокол 8 Протокол 4 |
[34], [35], [36], [37] |
Очищенные фракции/белки |
10 -50 мкг |
Протокол 1 Протокол 6 *, 8 |
[38], [39], [40] |
Очищенное антитело |
10-50 мкг |
Протоколы 1, 10-14 |
|
Примечание. *Если препарат содержит большие концентрации детергентов, глицина, имидазола и других соединений, используемых для хранения и выделения белков.