Таблица 2. Рекомендации по выбору методов проведения пробоподготовки для протеомных исследований.

Образцы

Минимально -необходимое

кол-во образца

Рекомендуемые протоколы

Ссылки

Бактерии

1 млн клеток

Протокол 7 или Протокол 8 

[13], [14]

Эукариотические клетки

0.2-1 млн клеток

Протокол 1 или Протокол 9

[15], [16], [17]

Клетки мозга, адипоциты

0.2-1 млн клеток

Протокол 3 (или Протокол 5) -> Протокол 7 или Протокол 8

[18], [19]

Ткани

0.2-1 мг

Протокол 7 или Протокол 8

[20], [21], [22]

Мембранные фракции клеток, ядра

0.050 – 0.1 мг

Протокол 3 -> Протокол 7 или Протокол 8

[23], [24], [25]

Биологические жидкости:

 

Плазма/сыворотка

0.01-0.05 мл

Протокол 1 или Протокол 9

[26], [27], [28]

Моча

5 мл

Протокол 5 -> Протокол 1

[29]

Спинномозговая жидкость

0.1 мл

Протокол 1

[30], [31]

Слюна

0.5 – 1 мл

Протокол 1

[32]

Слезы, глазная жидкость

0.050-0.1 мл

Протокол 1

[33]

Пищевые продукты (молоко, колбасы, мясо, рыба, беспозвоночные, икра, слизь, биопленки и т.д.)

Обычно присутствуют в избытке

Протокол 3 (или Протокол 5) -> Протокол 7 или Протокол 8

Протокол 4

[34], [35], [36], [37]

Очищенные фракции/белки

10 -50 мкг

Протокол 1

Протокол 6 *, 8

[38], [39], [40]

Очищенное антитело

10-50 мкг

Протоколы 1, 10-14

 

Примечание. *Если препарат содержит большие концентрации детергентов, глицина, имидазола и других соединений, используемых для хранения и выделения белков.