Предсказание доли иона пептида заданного заряда в масс-спектрометрии с положительной электроспрейной ионизацией

##plugins.themes.bootstrap3.article.sidebar##

pdf html html (English) Supplementary (English)
Опубликован: Dec 25, 2019
DOI: https://doi.org/10.18097/BMCRM00100
Ключевые слова:
пептид; масс-спектрометрия; электроспрей; предсказание свойств

##plugins.themes.bootstrap3.article.main##

В.С. Скворцов
Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича, 119121, Москва, ул. Погодинская, 10
Н.Н. Алексейчук
Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича, 119121, Москва, ул. Погодинская, 10
Ю.В. Мирошниченко
Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича, 119121, Москва, ул. Погодинская, 10
А.В. Рыбина
Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича, 119121, Москва, ул. Погодинская, 10

Аннотация

Рассмотрена возможность предсказания по аминокислотной последовательности доли иона заданного заряда в общем количестве пептида при масс-спектрометрии с положительной ионизацией электроспреем. В качестве исходных использовали данные, полученные в эксперименте MS/MS [Ramus et al., 2015, Data in brief, 6, 286-294] с использованием стандартизованного набора UPS1 (48 высокоочищенных белков человека) и депонированные в ProteomeXchange (идентификатор PXD001819). Для каждого из идентифицированных пептидов, принадлежащих одному из белков набора UPS, формировали список из обнаруженных ионов различного заряда. Сумма интенсивностей пиков, обнаруженных для первичного иона, служила в качестве меры количества пептида. Так как соотношения долей пептида между ионами разного заряда не зависит от концентрации в экспериментальной пробе, общая выборка была сформирована объединением данных, полученных для различных разведений UPS1. Построен набор уравнений, с помощью которых показана возможность предсказать долю ионов 1+, 2+ и 3+.

##plugins.themes.bootstrap3.article.details##

Как цитировать
Скворцов V., Алексейчук N., Мирошниченко Y., & Рыбина A. (2019). Предсказание доли иона пептида заданного заряда в масс-спектрометрии с положительной электроспрейной ионизацией. Biomedical Chemistry: Research and Methods, 2(4), e00100. https://doi.org/10.18097/BMCRM00100
Выпуск
Том 2 № 4 (2019)
Раздел
ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ

Библиографические ссылки

  1. Yates, J. R., Ruse, C. I., & Nakorchevsky, A. (2009). Proteomics by mass spectrometry: approaches, advances, and applications. Annual review of biomedical engineering, 11, 49-79. DOI
  2. Iavarone, A. T., Jurchen, J. C., & Williams, E. R. (2000). Effects of solvent on the maximum charge state and charge state distribution of protein ions produced by electrospray ionization. Journal of the American Society for Mass Spectrometry, 11(11), 976-985. DOI
  3. Ramus, C., Hovasse, A., Marcellin, M., Hesse, A. M., Mouton-Barbosa, E., Bouyssié, D., ... & Garin, J. (2016). Spiked proteomic standard dataset for testing label-free quantitative software and statistical methods. Data in brief, 6, 286-294. DOI
  4. https://www.ebi.ac.uk/pride, Submission Reference: PXD001819.
  5. Cox, J., & Mann, M. (2008). MaxQuant enables high peptide identification rates, individualized ppb-range mass accuracies and proteome-wide protein quantification. Nature biotechnology, 26(12), 1367. DOI
  6. Cox, J., Neuhauser, N., Michalski, A., Scheltema, R. A., Olsen, J. V., & Mann, M. (2011). Andromeda: a peptide search engine integrated into the MaxQuant environment. Journal of proteome research, 10(4), 1794-1805. DOI
  7. Teleman, J., Chawade, A., Sandin, M., Levander, F., & Malmström, J. (2016). Dinosaur: a refined open-source peptide MS feature detector. Journal of proteome research, 15(7), 2143-2151. DOI