Упрощенный метод получения кДНК низкокопийных и молчащих эукариотических генов на примере реналазы человека

##plugins.themes.bootstrap3.article.sidebar##

pdf html html (English)
Опубликован: Jun 17, 2019
DOI: https://doi.org/10.18097/BMCRM00101
Ключевые слова:
экспрессия; клонирование; экзон; ПЦР; кДНК

##plugins.themes.bootstrap3.article.main##

В.И. Федченко
Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича, 119121, Москва, Погодинская ул. 10
А.А. Калошин
Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича, 119121, Москва, Погодинская ул. 10

Аннотация

Разработан упрощенный «экзоновый» метод получения кДНК низкокопийных и молчащих эукариотических генов. Он основан на сборе целевого гена с геномной ДНК путем прямого синтеза его экзонов с последующим их объединением ПЦР без дополнительной очистки ампликонов. При синтезе экзонов использовали прямые праймеры, которые включают примерно ~20 нуклеотидов 3’-концевой последовательность предыдущего от амплифицируемого экзона и ~20 нуклеотидов 5’-начальной последовательности амплифицируемого экзона. Обратные праймеры включали ~20 нуклеотидов комплементарной концевой последовательности амплифицируемого экзона. Прямой и обратный праймеры, фланкирующие собираемый ген, включали сайты рестрикции, необходимые для встраивания в экспрессирующий вектор. Такой подход позволяет быстро собрать практически любой эукариотический ген по известной нуклеотидной последовательности геномной ДНК, имеющейся в базе данных.

##plugins.themes.bootstrap3.article.details##

Как цитировать
Федченко V., & Калошин A. (2019). Упрощенный метод получения кДНК низкокопийных и молчащих эукариотических генов на примере реналазы человека. Biomedical Chemistry: Research and Methods, 2(2), e00101. https://doi.org/10.18097/BMCRM00101
Выпуск
Том 2 № 2 (2019)
Раздел
ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ

Библиографические ссылки

  1. Jayakumara, Huang, W-Y., Raetz B., Chirala ,S.S. Wakil, S.J. (1996). Cloning and expression of the multifunctional human fatty acid synthase and its subdomains in Escherichia coli. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 93, 14509-14514. DOI
  2. Dae, W.K., Won, S.E., Sang, H.J., Chang, S.Y., Young, H.K., Soo H.C., Hee S.C., So Y.K., Hyeok Y.K., Jung H.K., Oh-Shin K., Sung-Woo C., Jinseu P., Soo, Y.C. (2003). Molecular Gene Cloning, Expression, and Characterization of Bovine Brain Glutamate Dehydrogenase. BMB Reports, 36 (6), 545-551. 10.5483/BMBRep.2003.36.6.545
  3. Salah, E.E., Abdalla, M., Eltayb, W.A., El-Arabey, A.A., Ganash, M., Alshammari, F.D., Barreto, G., Ashraf, G.M. (2019). Molecular cloning, expression, purification, and functional characterization of SP-22 gene from Bombyx mori. J. Cell. Biochem., [Epub ahead of print] 10.1002/jcb.28826.
  4. Yon, J., Fried, M. (1989). Precise gene fusion by PCR. Nucleic Acids Res.; 17(12), 4895. DOI
  5. Ciccarelli, R.B., Gunyuzlu, P., Huang, J., Scott, C., Oakes, F.T. (1991). Construction of synthetic genes using PCR after automated DNA synthesis of their entire top and bottom strands. Nucleic Acids Res., 19(21): 6007-6013. DOI
  6. Haoming, G., Jose, P., Rey, G., Donella, J.W. (1991). Full length mouse glycophorin gene constructed using recombinant polymerase chain reaction. Biochem. Biophys. Res. Commun., 177 (1), 202-208. DOI
  7. Booth, P.M., Buchmanb, G.W., Rashtchian, A. (1994). Assembly and cloning of coding sequences for neurotrophic factors directly from genomic DNA using polymerase chain reaction and uracil DNA glycosylase. Gene, 146, 303-308. DOI
  8. Nisson P.C., Rashtchian A., Watkins P.C. (1991). Rapid and efficient cloning of alu-PCR products using uracil DNA glycosylase. PCR Methods Appl., 1, 120-123. DOI
  9. Rashtchian, A., Buchman, G., Schuster, D., Berninger M. (1992). Uracil DNA glycosylase-mediated cloning of PCR-amplified DNA: application to genomic and DNA cloning. Anal Biochem. 206, 91-97. DOI
  10. An, X., Lu, J., Huang, J., Zhang, B., Liu, D., Zhang, X., Zhou, Y., Tong, Y. (2007). Rapid Assembly of Multiple-Exon cDNA Directly from Genomic DNA. PloS ONE, 2(11):e1179. DOI
  11. Davies, W.L., Carvalho, L.S., Hunt, D.M. (2007) SPLICE: A technique for generation in vitro spliced coding sequeces from genomic DNA. BioTechniques, 43, 785-789. DOI
  12. Di Donato, A., de Nigris, M., Russo N., Di Biase, S., D'Alessio G. (1993). A method for synthesizing genes and cDNAs by the polymerase chain reaction. Anal Biochem. 212(1), 291-293. DOI
  13. Gurevich, A.I., Esipov, R.S., Kaiushin, A.L., Korosteleva, M.D. (1997) Construction of artificial genes by PCR methods using the synthetic template. Bioorgan. Khim., 23 (6), 495-496.
  14. Miller, S.A., Dykes, D.D., Polesky, H.F. (1988). A simple salting out procedure for extracting DNA from human nucleated cells. Nucleic Acids Research, 16 (3), 1215. DOI
  15. Grimberg, J., Nawoschik, S., Belluscio, L., McKee, R., Turck, A., Eisenberg, A. (1989). A simple and efficient non-organic procedure for the isolation of genomic DNA from blood. Nucleic Acids Res., 17, 8390. DOI
  16. Lee, P.Y., Costumbrado, J., Hsu, C.Y., Kim, Y.H. (2012) Agarose Gel Electrophoresis for the Separation of DNA Fragments. J. Vis. Exp., 62, e3923, 10.3791/3923. DOI
  17. Laemmli, U.K. (1970) Cleavage of structural proteins during the assembly of the head of bacteriophage T4. Nature; 227, 680-685. DOI
  18. Kushner, S.R. (1978). An improved method for transformation of Escherichia coli with ColE1-derived plasmids. In: Genetic engineering (Boyer H.B. and Nicosia S., eds.), p. 17, Elsevier/North-Holland, Amsterdam. DOI
  19. Cohen, S.N., Chang, A.C.Y., Hsu, L. (1972). Nonchromosomal antibiotic resistance in bacteria: genetic transformation of Esherichia coli by R-factor DNA. Proc. Natl. Acad. Sci. USA., 69, 2110-2114. DOI
  20. Mullis, K.B., Faloona, F.A. (1987) Specific synthesis of DNA in vitro via a polymerase-catalyzed chain reaction. Methods Enzymol., 155, 335-50. DOI
  21. Fedchenko, V.I., Kaloshin, A.A., Mezhevikina, L.M., Buneeva, O.A., Alexei, Medvedev A.E. (2013) Construction of the Coding Sequence of the Transcription Variant 2 of the Human Renalase Gene and Its Expression in the Prokaryotic System. Int. J. Mol. Sci., 14, 12764-12779. DOI
  22. Fedchenko, V., Kopylov, A., Kozlova, N., Buneeva, O., Kaloshin, A., Zgoda, V., Medvedev, A. (2016). Renalase Secreted by Human Kidney НЕК293Т Cells Lacks its N-Terminal Peptide: Implications for Putative Mechanisms of Renalase Action. Kidney Blood Press Res, 41, 583-593. DOI