Оценка коллатеральной активности CRISPR/Cas13a-рибонуклеазы на биоанализаторе Agilent 2100

##plugins.themes.bootstrap3.article.sidebar##

pdf
Опубликован: Jun 30, 2022
DOI: https://doi.org/10.18097/BMCRM00169
Ключевые слова:
CRISPR/Cas13-рибонуклеаза; коллатеральная активность; детекция; Bioanalyzer 2100

##plugins.themes.bootstrap3.article.main##

Л.К. Курбатов
Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича, 119121, Москва, ул. Погодинская, 10
С.П. Радько
Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича, 119121, Москва, ул. Погодинская, 10
С.А. Хмелева
Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича, 119121, Москва, ул. Погодинская, 10
О.С. Тимошенко
Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича, 119121, Москва, ул. Погодинская, 10
А.В. Лисица
Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича, 119121, Москва, ул. Погодинская, 10

Аннотация

В работе описывается оригинальная методика детекции коллатеральной активности CRISPR/Cas13a-рибонуклеазы, основанная на оценке деградации рибосомальной РНК. В качестве анализирующего прибора используется биоанализатор Agilent 2100. Данный подход является альтернативой существующим методам детекции и имеет ряд преимуществ по сравнению с ними в том случае, когда не требуется количественная оценка активности. На примере тестового образца определены оптимальные концентрации и соотношения компонентов реакционной смеси, необходимые для получения наиболее показательного результата. Предлагаемая методика может быть использована для качественной оценки активности препаратов рекомбинантной рибонуклеазы Cas13а, полученных при разных условиях гетерологической экспрессии белка и его очистки, а также для тестирования направляющих РНК.

##plugins.themes.bootstrap3.article.details##

Как цитировать
Курбатов L., Радько S. ., Хмелева S., Тимошенко O., & Лисица A. (2022). Оценка коллатеральной активности CRISPR/Cas13a-рибонуклеазы на биоанализаторе Agilent 2100. Biomedical Chemistry: Research and Methods, 5(2), e00169. https://doi.org/10.18097/BMCRM00169
Выпуск
Том 5 № 2 (2022)
Раздел
ПРОТОКОЛЫ ЭКСПЕРИМЕНТОВ, ПОЛЕЗНЫЕ МОДЕЛИ, ПРОГРАММЫ И СЕРВИСЫ

Библиографические ссылки

  1. Gootenberg, J.S., Abudayyeh, O.O., Lee, J.W., Essletzbichler, P., Dy, A.J., Joung, J., Verdine, V., Donghia, N., Daringer, N.M., Freije, C.A., Myhrvold, C., Bhattacharyya, R.P., Livny, J., Regev, A., Koonin, E.V., Hung, D.T., Sabeti, P.C., Collins, J.J., Zhang, F. (2017) Nucleic acid detection with CRISPR-Cas13a/C2c2. Science, 356(6336), 438-442. DOI
  2. Gootenberg, J.S., Abudayyeh, O.O., Kellner, M.J., Joung, J., Collins, J.J., Zhang, F. (2018) Multiplexed and portable nucleic acid detection platform with Cas13, Cas12a, and Csm6. Science, 360(6387), 439-444. DOI
  3. Kellner, M.J., Koob, J.G., Gootenberg, J.S., Abudayyeh, O.O., Zhang, F. (2019) SHERLOCK: nucleic acid detection with CRISPR nucleases. Nat. Protoc., 14(10), 2986-3012. DOI
  4. Myhrvold, C., Freije, C.A., Gootenberg, J.S., Abudayyeh, O.O., Metsky, H.C., Durbin, A.F., Kellner, M.J., Tan, A.L., Paul, L.M., Parham, L.A., Garcia, K.F., Barnes, K.G., Chak, B., Mondini, A., Nogueira, M.L., Isern, S., Michael, S.F., Lorenzana, I., Yozwiak, N.L., MacInnis, B.L., Bosch, I., Gehrke, L., Zhang, F., Sabeti, P.C. (2018) Field-deployable viral diagnostics using CRISPR-Cas13. Science, 360(6387), 444-448. DOI
  5. Li, Y., Li, S., Wang, J., Liu, G. (2019) CRISPR/Cas Systems towards Next-Generation Biosensing. Trends Biotechnol., 37(7), 730-743. DOI
  6. Kurbatov, L.K., Radko, P.S., Kravchenko, S.V., Kiseleva, O.I., Durmanov, N.D., Lisitsa, A.V. (2020) Single Stage Purification of CRISPR/Cas13a Nuclease by Metal-Chelating Chromatography Following Heterologous Expression with Preservation of Collateral Ribonuclease Activity. Appl. Biochem. Microbiol., 56(6), 671-677. DOI
  7. Thormann, W. (2018) Theoretical principles of capillary electromigration methods., in Capillary Electromigration Separation Methods, Poole, C. F., Editor, Elsevier. p. 21-44.