Использование праймеров с высокой степенью мечения в полимеразной цепной реакции

Аннотация

Флуоресцентно-меченую ДНК широко используют в различных биоаналитических приложениях. В ряде случаев высокий уровень меченья ДНК является преимуществом. Одним из способов получения фрагментов ДНК, несущих множественные флуоресцентные метки, является использование полимеразной цепной реакции (ПЦР) с праймерами с высокой степенью мечения. В данной работе мы исследовали, как присутствие многочисленных молекул флуоресцеина, прикреплённых к праймеру, влияет на результат ПЦР. Было обнаружено, что расположение флуоресцеиновой метки на 3′-конце праймера или вблизи него может ингибировать амплификацию (вплоть до полной остановки, когда метка находится непосредственно на 3′-концевом или соседнем с ним нуклеотиде). Механизм, посредством которого присутствие флуоресцеиновых меток на 3’-конце праймера или вблизи него влияет на эффективность ПЦР, довольно неоднозначен и может включать как стерическое препятствование связыванию полимеразы прикреплённой молекулой флуоресцеина, так и дестабилизацию дуплекса праймер-матрица. Тем не менее, если множественные флуоресцеиновые метки прикреплены к нуклеотидам праймера таким образом, что по меньшей мере три нуклеотида с его 3′-конца остаются немодифицированными, то получение фрагментов ДНК с высоким уровнем мечения возможно с помощью ПЦР, хотя и с заметно меньшим выходом, чем при использовании немодифицированных праймеров.