Программа HYBOT 3D MF и её использование в CoMFA

##plugins.themes.bootstrap3.article.sidebar##

pdf html html (English)
Опубликован: Sep 7, 2018
DOI: https://doi.org/10.18097/BMCRM00073
Ключевые слова:
QSAR CoMFA HYBOT молекулярные поля

##plugins.themes.bootstrap3.article.main##

В.С. Скворцов
Институт физиологически активных веществ Российской академии наук, 142432, Черноголовка Московской обл., Северный проезд, 1; Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича, 119121, Москва, Погодинская ул. 10
А.В. Микурова
Институт физиологически активных веществ Российской академии наук, 142432, Черноголовка Московской обл., Северный проезд, 1; Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича, 119121, Москва, Погодинская ул. 10
О.А. Раевский
Институт физиологически активных веществ Российской академии наук, 142432, Черноголовка Московской обл., Северный проезд, 1

Аннотация

На основе модифицированного с использованием факторов водородного связывания HYBOT потенциала “6-8” разработана программа “HYBOT 3D MF”. Для интеграции программы с модулем “QSAR and Advanced CoMFA” пакета SYBYL-Х создан набор макросов, написанных на SPL. Полноценная версия программы доступна по адресу http://www.ibmc.msk.ru/HYBOT3D. Показано, что для ряда наборов химических соединений, имеющих выраженные различия в части групп с потенциальной возможностью образовывать водородные связи, использование полей HYBOT 3D MF позволяет улучшить предсказательную силу моделей, созданных по технологии CoMFA.

##plugins.themes.bootstrap3.article.details##

Как цитировать
Скворцов V., Микурова A., & Раевский O. (2018). Программа HYBOT 3D MF и её использование в CoMFA. Biomedical Chemistry: Research and Methods, 1(3), e00073. https://doi.org/10.18097/BMCRM00073
Выпуск
Том 1 № 3 (2018)
Раздел
ПРОТОКОЛЫ ЭКСПЕРИМЕНТОВ, ПОЛЕЗНЫЕ МОДЕЛИ, ПРОГРАММЫ И СЕРВИСЫ

Библиографические ссылки

  1. Cramer, R. D., Patterson, D. E., & Bunce, J. D. (1988). Comparative molecular field analysis (CoMFA). 1. Effect of shape on binding of steroids to carrier proteins. Journal of the American Chemical Society, 110(18), 5959-5967. DOI
  2. Ansari, S.M. and David S. Palmer, D.S. (2018). Comparative Molecular Field Analysis Using Molecular Integral Equation Theory. Journal of Chemical Information and Modeling 2018 58 (6), 1253-1265. DOI
  3. Goodford, P. J. (1985). A computational procedure for determining energetically favorable binding sites on biologically important macromolecules. Journal of medicinal chemistry, 28(7), 849-857. DOI
  4. Cruciani, G., & Watson, K. A. (1994). Comparative molecular field analysis using GRID force-field and GOLPE variable selection methods in a study of inhibitors of glycogen phosphorylase b. Journal of medicinal chemistry, 37(16), 2589-2601. DOI
  5. Klebe, G., Abraham, U., & Mietzner, T. (1994). Molecular similarity indices in a comparative analysis (CoMSIA) of drug molecules to correlate and predict their biological activity. Journal of medicinal chemistry, 37(24), 4130-4146. DOI
  6. Klebe, G., & Abraham, U. (1999). Comparative molecular similarity index analysis (CoMSIA) to study hydrogen-bonding properties and to score combinatorial libraries. Journal of computer-aided molecular design, 13(1), 1-10. DOI
  7. Zhokhova, N. I., Baskin, I. I., Bakhronov, D. K., Palyulin, V. A., & Zefirov, N. S. (2009, November). Method of continuous molecular fields in the search for quantitative structure-activity relationships. In Doklady Chemistry (Vol. 429, No. 1, p. 273). SP MAIK Nauka/Interperiodica.
  8. Boobbyer, D. N., Goodford, P. J., McWhinnie, P. M., & Wade, R. C. (1989). New hydrogen-bond potentials for use in determining energetically favorable binding sites on molecules of known structure. Journal of medicinal chemistry, 32(5), 1083-1094. DOI
  9. Raevsky, O. A., & Skvortsov, V. S. (2002). 3D hydrogen bond thermodynamics (HYBOT) potentials in molecular modelling. Journal of computer-aided molecular design, 16(1), 1-10. DOI
  10. Raevsky, O.A., Grigor’ev, V.Ju., Trepalin, S.V., HYBOT program package, Registration by Russian State Patent Agency No. 990090 of 26.02.99.
  11. SYBYL-X 2.1. Certara, Princeton, NJ, USA
  12. Caballero, J. (2010). 3D-QSAR (CoMFA and CoMSIA) and pharmacophore (GALAHAD) studies on the differential inhibition of aldose reductase by flavonoid compounds. Journal of Molecular Graphics and Modelling, 29(3), 363-371. DOI