Алгоритм создания таргетных масс-спектрометрических методов для детекции белков

##plugins.themes.bootstrap3.article.sidebar##

pdf html html (English) Supplementary
Опубликован: Apr 12, 2018
DOI: https://doi.org/10.18097/BMCRM00006
Ключевые слова:
мониторинг выбранных реакций; пептиды; стабильные изотопно-меченные стандарты; масс-спектрометрии

##plugins.themes.bootstrap3.article.main##

А.Т. Копылов
Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича
А.В. Лисица
Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича
В.Г. Згода
Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н.Ореховича (ИБМХ), 119121, Москва, Погодинская ул. 10

Аннотация

Определение концентраций белков является важной задачей в биологии и медицине, а также используется в клинической лабораторной практике для диагностики заболеваний.
Измерения абсолютных концентраций белков в масс-спектрометрии стали возможны благодаря внедрению в практику внутренних стандартов, которые в точности соответствуют химической структуре измеряемого вещества, но синтезированы с использованием изотопно-меченых молекул. Правильный выбор внутреннего стандарта и систематических подход в разработке методики мониторинга выбранных реакций (Selected Reaction Monitoring, SRM) определяет качество идентификации и точность измерения концентрации таргетного белка. В данной работе суммирован наш опыт по выбору пептидного стандарта для измерения концентрации белков. Результаты представлены в виде алгоритма, который учитывает основные стадии выбора внутреннего стандарта и основные моменты разработки методов детекции и определения концентрации белков

##plugins.themes.bootstrap3.article.details##

Как цитировать
Копылов A., Лисица A., & Згода V. (2018). Алгоритм создания таргетных масс-спектрометрических методов для детекции белков. Biomedical Chemistry: Research and Methods, 1(1), e00006. https://doi.org/10.18097/BMCRM00006
Выпуск
Том 1 № 1 (2018)
Раздел
ПРОТОКОЛЫ ЭКСПЕРИМЕНТОВ, ПОЛЕЗНЫЕ МОДЕЛИ, ПРОГРАММЫ И СЕРВИСЫ

Библиографические ссылки

  1. Aebersold, R., & Mann, M. (2016). Mass-spectrometric exploration of proteome structure and function. Nature, 537(7620), 347–355. DOI
  2. Chambers, A. G., Percy, A. J., Simon, R., & Borchers, C. H. (2014). MRM for the verification of cancer biomarker proteins: recent applications to human plasma and serum. Expert Review of Proteomics, 11(2), 137–148. DOI
  3. Wu, H.-Y., Goan, Y.-G., Chang, Y.-H., Yang, Y.-F., Chang, H.-J., Cheng, P.-N., et al. (2015). Qualification and Verification of Serological Biomarker Candidates for Lung Adenocarcinoma by Targeted Mass Spectrometry. Journal of Proteome Research, 14(8). DOI
  4. Percy, A. J., Tamura-Wells, J., Albar, J. P., Aloria, K., Amirkhani, A., Araujo, G. D. T., et al. (2015). Inter-laboratory evaluation of instrument platforms and experimental workflows for quantitative accuracy and reproducibility assessment. EuPA Open Proteomics, 8, 6–15. DOI
  5. Hood, C. A., Fuentes, G., Patel, H., Page, K., Menakuru, M., & Park, J. H. (2008). Fast conventional Fmoc solid-phase peptide synthesis with HCTU. Journal of Peptide Science?: An Official Publication of the European Peptide Society, 14(1), 97–101. DOI
  6. Moskaleva, N., Moysa, A., Novikova, S., Tikhonova, O., Zgoda, V., & Archakov, A. (2015). Spaceflight Effects on Cytochrome P450 Content in Mouse Liver. PloS One, 10(11), e0142374. DOI