pIPredict версия 2: новые возможности и работа с PTM

##plugins.themes.bootstrap3.article.sidebar##

pdf html html (English)
Опубликован: Jun 25, 2018
DOI: https://doi.org/10.18097/BMCRM00009
Ключевые слова:
белок; пептид; изоэлектрическая точка; посттрансляционные модификации; предсказание свойств

##plugins.themes.bootstrap3.article.main##

В.C. Скворцов
Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича 119121, Россия, Москва, ул. Погодинская, 10.
Н.Н. Алексейчук
Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича 119121, Россия, Москва, ул. Погодинская, 10.
Ю.В. Мирошниченко
Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича 119121, Россия, Москва, ул. Погодинская, 10.
А.В. Рыбина
Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича 119121, Россия, Москва, ул. Погодинская, 10.

Аннотация

Программа pIPredict, созданная как инструмент предсказания изоэлектрической точки пептидов и белков, служит для генерации карт виртуального двумерного (2D) электрофореза. Метод предсказания pI основан на использовании уравнения Хендерсона-Хассельбаха. В программе использованы несколько шкал значений pKa, включая вновь добавленные по сравнению с первой версией (ProMoST), а также новую версию собственной шкалы. Добавлены модули коррекции электрофоретического сдвига по молекулярному весу и вариативного предсказания pI для заданного набора модификаций. Функция предсказания pI для PTM может быть использована для предсказания положения модифицированных форм белков на карте виртуального 2D электрофореза, а также для предсказания конкретно наблюдаемой в эксперименте протеоформы. В программе также реализованы возможности предсказания по ряду других широко распространённых шкал с учётом некоторых посттрансляционных модификаций (PTM) и добавления собственных вариантов шкалы. Программа написана на языке JAVA и свободно доступна по адресу http://www.ibmc.msk.ru/LPCIT/pIPredict.

##plugins.themes.bootstrap3.article.details##

Как цитировать
Скворцов V., Алексейчук N., Мирошниченко Y., & Рыбина A. (2018). pIPredict версия 2: новые возможности и работа с PTM. Biomedical Chemistry: Research and Methods, 1(2), e00009. https://doi.org/10.18097/BMCRM00009
Выпуск
Том 1 № 2 (2018)
Раздел
ПРОТОКОЛЫ ЭКСПЕРИМЕНТОВ, ПОЛЕЗНЫЕ МОДЕЛИ, ПРОГРАММЫ И СЕРВИСЫ

Библиографические ссылки

  1. Skvortsov, V. S., Alekseychuk, N. N., Khudyakov, D. V., & Romero, I. R. (2015). pIPredict: a computer tool for predicting isoelectric points of peptides and proteins. Biomeditsinskaya khimiya, 61(1), 83-91. DOI
  2. Po, H. N., & Senozan, N. M. (2001). The Henderson-Hasselbalch equation: its history and limitations. Journal of Chemical Education, 78(11), 1499. DOI
  3. Patrickios, C. S. (1995). Polypeptide amino acid composition and isoelectric point: 1. A closed-form approximation. Journal of colloid and interface science, 175(1), 256-260. DOI
  4. Gauci, S., Van Breukelen, B., Lemeer, S. M., Krijgsveld, J., & Heck, A. J. (2008). A versatile peptide pI calculator for phosphorylated and N‐terminal acetylated peptides experimentally tested using peptide isoelectric focusing. Proteomics, 8(23‐24), 4898-4906. DOI
  5. Perez-Riverol Y., Audain E., Millan A., Ramos Y., Sanchez A., Vizcaíno J. A., Wang R., Muller M., Machado Y.J., Betancourt L.H., Padrón G., Besada V. (2012). Isoelectric point optimization using peptide descriptors and support vector machines. Journal of proteomics, 75(7), 2269-2274. DOI
  6. Skvortsov, V. S., Alekseychuk, N. N., & Rybina, A. V. (2017). Correction of the electrophoretic shift in virtual 2D SDS-PAGE electrophoresis. Biomeditsinskaya khimiya, 63(3), 278-283. DOI
  7. Bjellqvist B., Hughes G.J., Pasquali Ch., Paquet N., Ravier F., Sanchez J.-Ch., Frutiger, S. & Hochstrasser D.F. (1993). The focusing positions of polypeptides in immobilized pH gradients can be predicted from their amino acid sequences. Electrophoresis, 14, 1023-1031. DOI
  8. Halligan, B. D. (2009). ProMoST: a tool for calculating the pI and molecular mass of phosphorylated and modified proteins on two-dimensional gels. In Phospho-Proteomics (pp. 283-298). Humana Press. DOI
  9. Talamo, F., D'Ambrosio, C., Arena, S., Del Vecchio, P., Ledda, L., Zehender, G., Ferrara, L. & Scaloni, A. (2003). Proteins from bovine tissues and biological fluids: defining a reference electrophoresis map for liver, kidney, muscle, plasma and red blood cells. Proteomics, 3(4), 440-460. DOI